Falls deine Frage noch aktuell ist:
Du kannst den Umweg gehen und dein ganzes Audio über eine weitere Audiospur und erst danach an den Master routen. Erstell einfach eine Audiospur, bei dir du bei Input "No Input" wählst. Beim Output aller anderen Spuren wählst du diese Spur aus. Den Output dieser Hilfsspur kannst du dann an den Master schicken.
Hatte genau das gleiche Problem, dass nicht aufgezeichnet wurde, was in den Loopern passierte. Auf diese Weise wird quasi alles, was eigentlich an den Master geht vorher auf der Hilfsspur aufgezeichnet.