Ich kopiere es dir da ich selbst zu faul bin es zu erklären. xD
Da in der ersten Version des Anime bereits einige Kapitel des Manga vorlagen, ist die Grundidee der beiden Anime gleich und auch die wichtigsten Personen sind mit ihren grundlegenden Charakterzügen vorhanden. Doch im Gegensatz zu Fullmetal Alchemist 2003 wirkt die Story nicht mehr holprig oder an manchen Stellen "undurchdacht". Da die Geschichte beinahe eins zu eins vom Manga von Hiromu Arakawa übernommen wurde, finden Andeutungen, Personen und Details, die bereits zu Anfang genannt werden, nach und nach einen Platz und fügen sich puzzleartig zusammen, wodurch es zu einer komplexen, tiefgründigen und bis ins kleinste Detail durchdachten Geschichte mit erheblichem Spannungsfaktor wird.
Dies merkt man auch bei den Charakteren der Geschichte. Sie haben eine Vergangenheit und verändern sich auch im Laufe der Jahre, die in der Geschichte vergehen. So erfährt der Leser Beispielsweise, dass auch eine Riza Hawkeye Gefühlsausbrüche haben kann und Edward nicht für immer ein kleiner Zwerg bleiben wird.
Zudem kommen viele weitere Aspekte in die Geschichte ein, wie zum Beispiel weitere Personen, aber auch die Nachbarländer von Amestris erhalten plötzlich eine Bedeutung, wie auch die Geschichte des Landes.
Von der Umsetzung an sich haben sich einige Kleinigkeiten geändert. Die Haare von Edward Elric sind zum Beispiel heller oder die Uniform des Militärs ist leicht verändert.
Quelle: http://de.fma.wikia.com/wiki/Fullmetal_Alchemist:_Brotherhood