1. Ja es ist richtig, dass bei einem Namen immer nur der Erste Buchstabe großgeschrieben wird. Auch alles was anschließend durch Bindestriche getrennt wird, wird klein geschrieben. Dein angegebenes Beispiel gibt es so allerdings gar nicht, bzw. die Verbindung würde dann anders heißen (Tipp: Versuche es zu zeichnen und dann erneut zu benennen). Zudem würde eine CH3 Gruppe an der Position 3 nicht Methan sondern ...-3-methyl... heißen.
2.1. Ich bin mir nicht sicher was mit der Frage gemeint ist. Ja Alkyle lassen sich damit darstellen und durch die "freie" Drehbarkeit um Einfachbindungen können diese dann auch kreuz und quer verlaufen.
2.2. In der Skelettformel nicht. Dort müssen nur Hs eingezeichnet werden, die an Heteroatomen gebunden sind (also alles was nicht Kohlenstoff ist). In der Valenzstrichformel hingegen müssen alle Hs eingezeichnet werden.
Wikipedia hat übrigens eine recht gute Übersicht, über die verschiedenen Darstellungsformen.
2.3. Grundsätzlich kann man solche Abkürzungen verwenden. In deinem Beispiel wäre die allerdings falsch, da sich an der 5. Position noch eine Propylgruppe befindet und du die in der Form nicht eindeutig kennzeichnen könntest.
2.4. H3C-R wird verwendet, um besser darzustellen, dass die Methylgruppe über den Kohlenstoff mit dem Rest verbunden ist.
2.5. Ja richtig, die Klammern geben die Alkylgruppen an.
Einfach von links nach Rechts durchgehen. Es fängt an mit 3 Methylgruppen, die an einem Kohlenstoff verbunden sind. Die Kette wird einfach fortgeführt, mit den jeweils möglichen H Atomen. Die nächste Klammer gibt an, dass sich am entsprechenden Kohlenstoff eine Ethylgruppe befindet usw. Hier einmal die Skelettformel. Daraus lässt sich dann auch die Valenzstrichformel herleiten. Wenn noch etwas unklar ist, gerne schreiben.