Normal brauchen Festplatten gar nicht gekühlt werden. Lies mal deine Festplattentemperaturen mit Open Hardware Monitor aus. Zwischen 40 und 50 Grad ist unbedenklich.
Du hast also die Festplatten einfach offen im auf ein paar Gummihaltern zusammengebaut? Vergrößer einfach mal den Platz dazwischen auf 2-3 Zentimeter würde ich vorschlagen. Einen Lüfter halter ich eher für Überflüssig, und das der die Festplatte beschädigen kann ist mir neu. Ob Luft anblasen oder absaugen spielt keine Rolle. In einem geschlossen Gehäuse versucht man normal unter trocken Luft reinzusaugen und oben, weil die warme Luft ja aufsteigt rauszublasen.
Du kannst die Festplatte auch senkrecht stellen. Da ja die Wärme hauptsächlich über die großen Flächen(Ober-Unterseite) abgeführt wird. Wenn jetzt die Festplatten Übereinanderpappen ensteht da eine Hitzestau. MIt ein bisschen Abstand und senkrecht gestellt steigt die Wärme natürllich nach oben auf, wird abgeführt.