Deine Annahmen dass die Geschwindigkeit bzw die Beschleunigung 3m/s bzw. 3m/s^2 sein müssten, sind nicht ganz richtig. Beschleunigung insbesondere ist weniger intuitiv, als man denken würde.
Angenommen, das Auto ist nach einer Sekunde 3m weit gefahren. Dann wissen wir, dass die Durchschnittsgeschwindigkeit des Autos in der ersten Sekunde 3m/s war. Das sagt aber erstmal wenig über die aktuelle Geschwindigkeit des Autos zum Zeitpunkt t=1s aus. Dass a=3m/s^2 nicht stimmen kann, kann man sich wie folgt überlegen. Am Anfang bei t=0 ist logischerweise auch die Geschwindigkeit v=0 und diese wird ab da nur größer. Um in der ersten Sekunde eine Durchschnittsgeschwindigkeit von 3m/s zu erhalten, muss also bei t=1s die aktuelle Geschwindigkeit größer als 3m/s sein um die Geschwindigket 0m/s vom Anfang auszugleichen (und damit muss a größer als 3m/s^2 sein, siehe unten). Genaueres hier in den beiden Fällen konstanter Gescheindigkeit bzw konstanter Beschleunigung.
1. Auto fährt mit konstanter Geschwindigkeit:
Nehmen wir an, ein Auto fährt mit konstanter Geschwindigkeit v. Dann gilt strecke=v*t und dann gilt tatsächlich dauerhaft v=3m/s, wenn das Auto in 1s 3m weit fährt.
2. Auto fährt mit konstanter Beschleunigung (so wie in deiner Frage)
Man könnte nun meinen, dass die Beschleunigung (analog zur Geschwindigkeit oben) 3m/s^2 sein muss. Allerdings stimmt das nicht. Hier muss wirklich die Formel strecke=(1/2)a*t^2 benutzt werden. Und nach t=1s beträgt die gefahrene Strecke eben genau a/2.
In deinem Beispiel muss also a=6m/s^2 gelten. Und dadurch (ganz am Anfang bei t=0 ist die Geschwindigkeit v=a*t=0, ganz am Ende bei t=1s ist die Geschwindigkeit v=a*t=6m/s) erhält man während der ersten Sekunde eine Durchschnittsgeschwindigkeit von 3m/s, was man ja wollte.