Die Reihenfolge spielt keine große Rolle. Tel Aviv und Jerusalem sollten am Anfang bzw. Ende der Rundreise stehen, da von dort aus der Flughafen am besten zu erreichen ist. Jerusalem und Tel Aviv geben sich nicht viel, der Flughafen liegt auf der Strecke.
Sofern du lieber am Ende am Strand ausspannst: Jerusalem - Totes Meer - (See Genezareth) - Haifa - Tel Aviv
Sofern du lieber am Ende Jerusalem als Highlights möchtest: Tel Aviv - Haifa - (See Genezareth) - Totes Meer - Jerusalem
Wenn du mit öffentlichen Verkehrsmittel reist bedenke, dass am Shabbat (Fr. Abend bis Sa. Abend) nur wenig bis gar nichts fährt.
Mietwagen sind recht günstig in Israel. Ich würde überlegen, ob das nicht Sinn macht.
Ein Pauschalangebot wirst du kaum finden, aber Israelspezialisten werden dir eine Tour zusammenstellen. Such mal nach Scuba-Reisen in Stuttgart.