Krabat wird zur Mühle gerufen und findet sich schnell in der Gemeinschaft ein. Er versteht nur langsam, dass er sich in einer Umgebung befindet, in der schwarze Magie zur Tagesordnung gehört. Immer wieder schwankt er zwischen der Faszination für die Zauberei und den Zweifeln an dieser Form der Macht. Er findet in Altgesell Tonda einen Freund und begegnet zum ersten Mal der Kantorka, einem singenden Mädchen. Am Ende des Jahres stirbt Tonda und Krabat bemerkt, dass in der Mühle seltsame Dinge vor sich gehen.
Kapitel 1 – Die Mühle im KoselbruchMit zwei Freunden zieht der vierzehnjährige Waisenjunge Krabat durch die Dörfer um Hoyerswerda und bettelt. Nachts träumt er von elf Raben und einer Stimme, die ihn zur Mühle im Koselbruch nach Schwarzkollm ruft. Nachdem er den Traum dreimal geträumt hat, macht er sich auf den Weg. In der gespenstischen Mühle trifft er auf den Meister, der ihn einlädt, bei ihm als Lehrling anzufangen. Krabat hat Zweifel, sagt aber zu. Prompt beginnt die Mühle zu mahlen.
Kapitel 2 – Elf und einerDer Meister führt Krabat auf den Dachboden. Hier befinden sich zwölf Pritschen für die Mühlknappen. Auf einer liegt Kleidung für Krabat, die perfekt passt. Am nächsten Morgen lernt Krabat den Altgesellen Tonda kennen. Er erklärt, dass Krabats Vorgänger seine Ausbildung beendet hat. Der Meister gibt Krabat die Aufgabe, die Mehlkammer auszufegen, was trotz aller Anstrengung nicht gelingt, weil Fenster und Türen verschlossen sind. Tonda kommt herein, murmelt einen Spruch, macht eine Handbewegung und die Kammer ist sauber.
Kapitel 3 – Kein HonigleckenDie Arbeit in der Mühle strengt Krabat sehr an. Im Gegensatz zu ihm sind die anderen Gesellen weniger erschöpft. Tonda legt Krabat immer wieder die Hand auf, was ihm neue Kraft verleiht. Er bittet Krabat jedoch, den anderen Gesellen nichts von dieser Hilfe zu erzählen. Krabat bemerkt, dass der ungeschickte Außenseiter Juro gehänselt wird. Als er ihm vorschlägt zu fliehen, antwortet Juro, dass dies nicht möglich sei. Krabat solle es selbst versuchen. Doch Krabat möchte noch bleiben.
Kapitel 4 – Wege im TraumKrabat denkt an seine verstorbenen Eltern und daran, wie er dem Pastor und seiner Frau weglief, weil ihm das fromme Leben nicht gefiel. In der Nacht träumt er von seiner Flucht aus der Mühle. Doch er läuft darin immer wieder im Kreis, begegnet einäugigen Gestalten und Tondas Grab. Am Morgen erzählt er Juro, der im Traum mit ihm gemeinsam fliehen wollte, von der Geschichte. Juro rät Krabat, den Traum nicht so wichtig zu nehmen.
Kapitel 5 – Der mit der HahnenfederKrabat entdeckt im sonst unbenutzten siebten Mahlgang Knochensplitter und Zähne. Gleichzeitig sind die älteren Gesellen auffällig müde. Er träumt nachts, dass die Mühle brennt. Als er aufwacht, ist er allein in der Schafkammer. Vor der Mühle steht ein Sechsspänner. Der Fahrer trägt einen Hut mit roter Hahnenfeder. Während die Gesellen mühsam Säcke vom Wagen in die Mühle schleppen, macht die mahlende Mühle ein Geräusch, das an Totengesang erinnert. Die Säcke werden wieder verladen und der Wagen verschwindet, ohne Spuren zu hinterlassen.
Kapitel 6 – Husch auf die StangeAn Karfreitag ruft der Meister Krabat in seine Kammer und erklärt Krabats Probezeit für beendet. Er weiht ihn in die Kunst der schwarzen Magie ein, während die anderen Gesellen in Gestalt von Raben auf einer Stange sitzen. Auch Krabat verwandelt sich in einen Raben. Der Meister lehrt seine Gesellen, einen Brunnen versiegen zu lassen, doch Krabat kann sich die Formel nicht merken. Statt ungehalten zu reagieren, erläutert der Meister, dass das Lernen freiwillig sei, aber Vorteile bringe.
Kapitel 7 – Das Mal der geheimen BruderschaftDie Gesellen sollen die Osternacht im Freien verbringen. Krabat wird Tonda zugeteilt, der ihn zu einer Stelle führt, an der einst ein Mann starb. Die Jungen sitzen am Feuer und Krabat ist fasziniert von der Stimme eines Mädchens, das zum Glockenläuten der Kirche das Osterlied singt. Tonda erzählt von seiner verstorbenen Freundin Worschula und warnt Krabat davor, in der Mühle jemals den Namen seines Mädchens zu verraten. Im Morgengrauen zeichnen sie sich gegenseitig einen Drudenfuß auf die Stirn, das Mal der geheimen Bruderschaft.
Kapitel 8 – Gedenke, dass ich der Meister binBei der Rückkehr zur Mühle findet ein Ritual statt. Die Gesellen bekommen Ohrfeigen und müssen dem Meister Treue schwören. Bei der anschließenden Arbeit lässt der Schweiß das Mal auf Krabats Stirn verschwinden und die Arbeit geht ihm plötzlich leichter von der Hand. Krabat denkt oft an die Kantorka, das singende Mädchen. Freitags werde die Gesellen in dunkler Magie unterrichtet und bei Neumond kommt der Gevatter mit dem Fuhrwagen. Krabat muss beim Mahlen der Sackinhalte helfen und zweifelt langsam an seinem Schwur.
Kapitel 9 – Ochsenblaschke aus KamenzDer Meister schickt Tonda, Andrusch und Krabat auf den Viehmarkt nach Wittichenau. Dort tricksen sie den reichen Ochsenblaschke aus. Andrusch verwandelt sich in einen Ochsen, Tonda in einen alten Bauern. Auf dem Markt erregen sie Aufmerksamkeit, sodass der Preis für den Ochsen immer höher wird. Der Ochsenblaschke kauft das Tier. Damit sich Andrusch zurückverwandeln kann, behält Tonda den Halsstrick. Als Andrusch zurückkehrt, erzählt er, dass er sich im Stall vor der Magd zurückverwandelt hat und als Schwalbe durchs Fenster geflohen ist.
Kapitel 10 – Feldmusik
Werber des Kurfürsten ziehen umher, um Soldaten für den Krieg gegen den schwedischen König zu rekrutieren. Sie kommen zur Mühle und verlangen die beste Unterkunft. Durch schwarze Magie servieren die Jungen ungenießbares Essen und geben ihnen Betten im Dreck, ohne dass die Werber es merken. Die Männer bieten ihnen einen Platz in der Truppe an. Zusammen marschieren sie nach Kamenz, wo die Gesellen ihre Vorgesetzten bloßstellen. Nachdem klar wird, dass sie nicht am Kriegsdienst interessiert sind, verwandeln sie sich in Raben und fliegen zurück.
Kapitel 11 – Das AndenkenIm Oktober fahren Krabat, Tonda, Juro und Staschko zum Torfstechen ans „Schwarze Wasser“. Sie wollen Pilze sammeln, doch sie finden keine. Als Krabat sich Tondas Messer leiht, bemerkt er, dass die dunkle Klinge in seiner Hand heller wird. Staschko zaubert einige Pilze herbei, nur um sie sofort wieder verschwinden zu lassen, weil Zauberpilze ungenießbar sind. Die Gegend erinnert Krabat an den Traum, in dem er Tondas Grab gesehen hat. Tonda schenkt Krabat sein Messer und erklärt, dass die Klinge schwarz wird, wenn der Träger in Gefahr ist.
Kapitel 12 – Ohne Pastor und KreuzEs wird Winter und in der Mühle machen sich schlechte Laune und diffuse Angst breit. Krabat versucht, die Gesellen aufzumuntern, indem er den Tisch weihnachtlich deckt. Das hat jedoch die gegenteilige Wirkung. In einer Nacht hört Krabat einen Schrei. Er läuft zur Dachkammer, die jedoch verschlossen ist. Am nächsten Morgen liegt Tonda tot an der Leiter zur Dachkammer. Die Jungen bringen ihn zu einem vorbereiteten Grab, wo Tonda ohne Pastor bestattet wird. Krabat versucht, ein Vaterunser zu beten, doch ihm fallen die Worte nicht mehr ein.