Es ist schon etwas her bei mir, aber ich glaube nen wirklich großen Unterschied macht es nicht(korrigiert mich gerne wenn ich da falsch liege).

Ich glaube, wenn du die ersten zwei "Sektorenbosse" ausgeschaltet hast, hast du erste Möglichkeit dem Hauptboss zu begegnen, das sollte aber auch schon alles sein.

Das Ausschalten der Sektoren verändert meines Wissens nach auch nichts an der Spielwelt, sprich Präsenz oder Stärke der Gegner.