Der beste Weg wäre Mikrofon und Pickup das liefert die besten Ergebnisse. Zu "radikale" EQ-Einstellungen können den Klang gummiartig wirken lassen, vorallem wenn die Presence zu hoch gestellt ist.
Es kann aber auch am Kabel liegen oder auch an der Soundkarte, ist immer zu empfehlen ein Interface zu verwenden (günstige gibt es speziell für Akustikgitarre, E-Gitarre und Bass von Line 6 welchen auch eine Software mit Effekten beiliegt), dann hast du auch kein Problem mit Latenzzeiten.
Also überprüfe erst die Gitarreneinstellung, dann das Kabel und wenn es daran nicht liegt überprüfe die Soundkarte