Eine Aufbauorganisation ist etwas statisches, wobei Aufgaben in der Regel einmal definiert werden und man darauf aufbauend tätig wird. Die Ablauforganisation ist eine dynamische Angelegenheit und beschreibt, wie der Arbeitsprozess abläuft.
Unter http://www.timo.net/blog/worin-unterscheiden-sich-aufbau-und-ablauforganisation-3/ gibt es einen passender Artikel zum Unterschied der beiden Arten.

Viele Grüße Anne