Er hat wohl nur noch ein Auge, beziehungsweise ist das andere zumindest nicht mehr ganz/nicht mehr rbauchbar. Als Shadi/Shadee oder wie auch immer man des Typen Namen nun schreiben möchte, ihm das MilleniumsAUge eingesetzt hat, hat er es einfach in das eigentliche Auge "reingequetscht". Das Auge ist, wenn es überhaupt noch vorhanden ist auf jeden Fall also nicht mehr funktionsfähig (außer durch irgendeine tolle Milleniumsmagie, ich bezweifle es aber).
In Dawn of the Duel, also in der Staffel im Alten Ägypten ist Akunadin der Träger des Milleniumsauges und auch diesem wird es von Bakura, hier aber natürlich vom Grabräuber Bakura, gestohlen. Akunadin sieht man hinterher, dem wurde das Auge, wo das Milleniumsauge steckte, verbunden, es war also eine Verletzung und auch daher kann man ableiten, dass kein normales, sehfähiges Auge mehr vorhanden war und ich denke nicht, dass das bei Pegasus anders gewesen ist.