Zu aller erst: Digimon ist ein Multiversum und besteht somit aus mehreren Universen die normalerweise immer unabhängig von einander sind. Sprich die einzelnen Staffeln spielen in anderen Universen mit anderen Regeln und Gesetzten die nichts miteinander zu tun haben.
Das erklärt bereit einige deiner "Logikfehler":
Erwachsene in der Digiwelt in Savers(dt. Data Squad) = anderes Universum mit anderen Regeln(außerdem wurde am Ende der 2. Staffel gezeigt das sich die Regeln der Digiwelt auch ändern können und Erwachsene auch im Adventureverse in die Digiwelt gelangen können zB Oikawa).
Reboot in anderen Staffeln = auch hier wieder die Sache mit anderen Regeln und somit auch keine (zumindest bekannte) Möglichkeit ein Reboot durchzuführen.
Erwachsene mit Digimonpartner in Savers = anderes Universum, außerdem gab es das auch in 02 mit Oikawa.
Das Dukemon(dt. Gallantmon) aus Savers = zum einen haben Digimon, im Gegensatz zu zB Pokemon keine feste Entwicklung, dass heißt Digimon können sich zu vielen verschiedenen Digimon digitieren und somit kann nicht nur Guilmon zu Dukemon werden sondern auch andere Digimon. Und auch hier wieder anderes Universum und somit kann es hier sehr wohl mehrere Guilmon geben.
Die Power Ups durch Karten aus Tamers = Die Power Ups sind nur dann Möglich wenn die entsprechende Karte aus dem TCG mit einem D-Arc gescannt wird und da, soweit wir wissen, nur in Digimon Tamers ein solches TCG existiert und es die D-Arcs auch nur hier gibt können die Power Ups auch nur hier genutzt werden.
Nun zu den restlichen Fragen:
Die Meister der Dunkelheit und die Souveränen = Im Japanischen gibt es zu den einzelnen Digimon Staffeln noch weitere Hintergrundinformationen und soweit ich weis gab es dort auch mehr Infos über die Meiste rund die Souveränen. Es gab wohl einen Kampf zwischen den beiden Gruppen wodurch die Souveränen geschwächt genug waren um sie zu versiegeln(das soll auch erklären warum Die Meister so spät aufgetaucht sind da sie noch geschwächt von dem Kampf waren). Allerdings kenn ich mich da nur sehr wenig aus.
Die Motivation der Meister der Dunkelheit = Eines der größten Probleme von Digimon Adventure ist das alle Bösewichte keine wirkliche(bekannte) Motivation haben und es auch kein wirklichen zusammenhang gibt. Die Meister wollen scheinbar die Digiwelt und die Reale Welt beherschen. Apocalymon zu wecken/erschafen oder sonstwas hat nichts damit zu tun. Apocalymon hingegen besteht aus überflüssigen Daten die von der Digitalen Welt abgestoßen wurden und ist durch die Firewall der Digiwelt gebrochen um diese aus Rache zu zerstören. Als die Meister der Dunkelheit besiegt waren und die durch die Meister veränderten Daten der Welt wieder freigesetzt wurden war die Welt gesdchwächt genug so das Apocalymon durch die Firewall in die Digiwelt kam.
Yggdrasil im Adventureverse = tri. ist reiner Fanservice für die reinen Adventure Fans die der Meinung sind das alles auser Digimon Adventure(und zum teil 02) nur Schrott ist. daher wird auch so ziemlich alles aus 02 komplett ignoriert und scheinbar hat keiner im tri. Team Digimon Adventure in den letzten 15 Jahren gesehen. Das ist zumindest das einzige wie ich mir erklären kann was sie mit tri. alles falsch gemacht haben. Auf jedenfall genauer zur Frage. Es gab in Adventure und 02 nicht einmal eine kleine Andeutung das neben den Homeostasis(die schon in der ersten Staffel von Hikari besitz ergriffen haben und unter anderem die Digivice erschaffen haben) noch eine weitere "Einheit" wie zB Yggdrasil existieren könnte(kein Wunder wenn man bedenkt das vieles von Adventure nicht durchdacht ist). Hier wurde einfach geschlampt und man hat nicht darüber nachgedacht das die plötzliche Existenz einer "Einheit" wie Yggdrasil solche Fragen aufwerfen könnte(mMn).
Digimon Frontier und die Digitation und das Reinigen der Daten = In dem Moment in dem die Kinder die Digiwelt betreten haben konnte man die Spirits für einen kurzen Moment sehen wie sie als geisterhafte Shilouette ind die Kinder "fahren". Dazu hatte Takuya in dem Moment in dem er vor dem Spirit sah eine kurze Vision von Agunimon daher kann man davon ausgehen das die Kinder bereits seit anfang an mit den Spirits verbunden sind und die Digitation Instinktiv(vielleicht auch von den instinkten der Digimon her die ja auch direkt nach der digitation ihre Fähigkeiten und Attacken kennen kommt) auslösen konnten bzw nach dem Takuya digitiert ist haben die anderen das ganze ja mitbekommen. Dazu haben sie gesehen wie Cerberumon die Daten der Stadt absorbiert hat. Und der Rest zum Reinigen war wohl auch einfach Instinkt.
Yggdrasils niederlage durch Agumon und das fliegen = Erstmal das "komische Rote Leuchten" ist Digisoul. Wir haben bereits zuvor gesehen das in Savers das Digisoul eine sehr große Auswirkung haben kann. Zb als die Digivice IC(die erste Version in Savers) zerstört wurden, Banchou Leomon die Digiwelt hält oder wenn Masaru(dt Marcus) Digimon angreift. Die Kraft des Digisoul basiert auf dem Willen und in dem Moment zeigte Masaru einfach einen unzerstörbaren Willen welcher sich in dieser extremen Ansamlung von Digisoul manifestiert hat und es Agumonermöglicht hat den Burst Mode zu ereichen ohne zu digitieren.
Trailmon Friedhof = warum es gerade für die Trailmon einen Friedhof gibt wurde nie erklärt daher kann ich höchsten spekulieren das die Trailmon vielleicht zum Teil Digimon aber auch zum teil normale Züge sind und während die Digimon zwar wiedergeboren werden müssen die Züge ja irgendwie erneuert werden was auch schon zum nächsten Punkt führt.
Trailmon Angler´s wiedergeburt = Die Rede vom sterben war nur eine Lüge da das Trailmon Angler hier wusste das es am Ende verjüngt wird. Möglicherweise braucht es solche "Fürsorge" wie von den Kindern um die Wiedergeburt einzuleiten aber auch hier wird zu wenig erklärt um genaueres zu sagen.
Gennai, Yggdrasil und die Homeostasis = Auch hier kommt wieder das "absolut geniale" Storytelling von tri. rüber... Das einzige mit dem ich mir das wechseln der Seite erklären kann(von bescheuerten Schreibern abgesehen) wäre das Yggdrasil, ähnlich wie Piemon in Digimon Adventure bereits, Gennai mit einem Virus infiziert hat. Nur anstatt zu altern(Datenverfall?) wurde Gennai einfach zu Yggdrasils Sklaven. Aber kleiner Tipp gib auf dir gedanken über mögliche Logikfehler und Plotholes in tri. zu machen, die gesamten tri. Filme bestehen aus Logikfehlern die teilweise noch weitaus gravierender sind(mMn).
So ich glaub das wars ist auch genug zusammengekommen :D ich hoffe das erklärt die meisten deiner Fragen.
