Weshalb verteilen sich Mutationen nicht gleichmäßig und zufällig über die gesamte Sequenz von Cytochrom c (Aminosäurensequenzvergleich)?

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Es gibt sog. konservierte Bereiche, bei denen kleinste Veränderungen zu einem evolutionären Nachteil führen. flexikon.doccheck.com/de/Konservierung_(Biologie)

Solche konservierten Sequenzen bzw. Sequenzbereiche sind typisch für so evolutionsgeschichtlich alte Gene bzw. Proteine wie in deinem Beispiel.

Proteine haben bestimmte Domänen, das sind Bereiche mit einer spezifischen Funktion, diese sind von der Aminosäuresequenz abhängig und haben nur wenig Spielraum für Variation, gleiches gilt für die codierenden Bereiche (Exons) der entsprechenden Gene. Bei Introns in der DNA-Sequenz oder bei Aminosäuresequenzen von Teilen des Proteins mit einer unspezifischen Aufgabe können größere Variationen auftreten ohne dabei nachteilig für den Organismus zu wirken.