ISP Anschlüsse zum Programmieren?

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Am besten ist es natürlich wenn du die frei lässt. Wenn du allerdings sonst zu wenig Pins hast kannst du diese unter Einschränkungen auch als normales SPI nutzen.

Möglichkeit 2 wäre dabei zu sorgen, dass die Pins zum Zeitpunkt des Programmierens mit keinem OmIC verbunden sind.

Möglichkeit 3 wäre es die anderen Bauteile an diesen Pins zumindest zu "passivieren" sprich so zu beschalten, dass der Programmer mit dem AVR kommunizieren kann ohne dass ihn die anderen Geräte stören. Das geht zB wenn du 4k7 Widerstände in die SPI Leitungen nach dem Programmer gibst. Das stellt sicher, dass der Programmer immer alle anderen Busteilnehmer überstimmen kann.

https://www.kanda.com/avr-isp-circuits.php

Was man zusätzlich noch machen sollte sind Pullup Widerstände an den NSS Pins aller Busteilnehmer an diesem SPI Bus. Diese Pullups verhindern, dass die Slaves beim Programmieren aktiv werden.