Hatten SS Offiziere Befehlsgewalt über einfache Wehrmachtssoldaten?

Man muss wohl unterscheiden:

SS

Waffen SS

Die Waffen SS waren eigene Einheiten z. B. Xte SS Panzerdivision. mit eigenen Generälen (SS-Gruppenführer). Sie waren dann aber der regulären Wehrmacht so zugeordnet, dass die Oberbefehlshaber (OB West, oder im Osten Heeresgruppe Mitte mal als Beispiele) dann auf diese Einheiten zurückgreifen konnten, also in die Planung einbeziehen.

Aber es gab eben auch die SS Einheiten die als Mordkommandos hinter der Front operierten und da eben auch ganze  Dörfer ausradierten.

Ja. Es gab ja auch eine Entsprechung der Ränge der SS zu den Rängen der Wehrmacht. Z.B. war ein SS-Oberstürmführer gleichzusetzen mitdem Oberleutnant der Wehrmacht. Und war eben ranghöher damit als ein Leutnant der Wehrmacht. Und natürlich hatte er Befehlsgewalt über einfache Wehrmachtssoldaten.

ABER, Du musst bedenken, dass es etwas komplizierter läuft beim Militä und im Krieg als die einfache Liste der Ränge. Ein Offizier, der eine Einheit kommandiert, kommandiert sie auch und ist seinem dierekten Vorgesetzten in einer grösseren Einheit unterstellt. Diese Befehlskette wird auch nicht ohne weiteres durchbrochen, nur weil ein anderer ranghöherer Offizier meint kommandieren zu müssen. Es kann nicht einfach ein ranghöherer Offizier daherkommen und alle Befehle der anderen ausser Kraft setzen. Es gibt feste Verbände, die eine feste Befehlskette haben. Als Beispiel: Soldaten der Wehmacht heben einen Graben aus. Es kommt ein SS-Offizier vorbei und sagt sie sollen aufhören und mit ihm mitkommen um etwas anderes zu machen. Die Soldaten müssen ihm nicht gehorchen weil sie einen BEfehl ihres direkten Vorgesetzten ausführen. Nur wenn der SS-Offizier ausdrücklich authorisiert ist(durch einen schriftlichen Befehl z.B.) die Befehle ihres Vorgesetzten ausser Kraft zu setzen(das kann ein ausdrücklicher Befehl für genau diese Einheit sein oder eine generelle Vollmacht(aber sowas war sehr selten. Musste schon jemand mit einer absolut überwichtigern Sonderaufgabe sein)) könnte er befehlen. Ansonsten hätte ihm der dem Rang gebührende Respekt zukommen müssen aber kein Gehorsam.

Nur in Ausnahmesituationen, mienetwegen im Gefecht sind viele Offiziere gefallen und man hat auch keine Verbindung zu der Obrigkeit. Dann würde die Befehlsgewalt automatisch auf den ranghöheren Offizier übergehen, unabhängig ob von der Wehrmacht oder SS.

Im Prinzip nicht.  Falls jedoch kein Wehrmachtsoffizier anwesend war, hätte z.B ein Offizier der Waffen-SS vorübergehend durchaus Weisungsbefugnis in Kampfhandlungen gehabt . Genauso wie ein Luftwaffenoffizier einem Soldaten des Heeres oder ein Heeresofizier einem  Matrosen etc in einem solchen Fall Anweisungen hätte erteilen können.          

Nein, außer sie wurde von oben erteilt. Die SS war von der Wehrmacht unabhängig.