Der gravierende Unterschied ist, dass Linux und Unix immer genau einen hierarchischen Verzeichnisbaum haben, DOS hingegen für jedes logische Laufwerk einen eigenen Baum hat und über einen sog. Laufwerkbuchstaben identifiziert wird.

Andere Aspekte (z. B. Case-Sensitivity) hängen nicht mit der Struktur des Baums zusammen, sondern hängen vom jeweiligen Dateisystem ab.