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Also wenn ich das richtig verstehe:
Du hast z.B 2 SD-Karten. Die eine Steckst du zuerst in den Slot und bootest. Danach fährst du den PI wieder runter und wechselst die erste SD gegen die zweite aus.
Wenn du das so meinst dann geht das natürlich. Das ist wie als würdest du bei deinem PC die Festplatten tauschen, auf denen zwei verschiedene Windows-Versionen drauf sind. Das geht einwandfrei.
MfG