"Genmanipulation" ist so ne Sache. 
Das ist nichts generell ungesundes oder sowas, sondern eine gerichtete und verschnellte "Evolution". 

Du hast in deinem Leben noch nie eine "100% natürliche Banane gegessen"; Google mal, wie die aussehen. Da ist nicht viel zu essen dran und ziemlich große Kerne drinnen. Wir haben sie nur so hingezüchtet und wenn man so will "genmanipuliert", auch wenn in dem Fall keine DNA-Sequenz manuell verändert wurde. 

Kurz: Genmanipulation ist generell weder gesund, noch gesundheitsschädlich!
Man könnte damit eine Frucht dahingehen verändern, dass sie mehr Vitamine hat, oder dass sie ein Gift produziert. Es kommt also vollkommen aufs Ziel an.

Also nein, deine Wassermelone wäre absolut nicht ungesund, nur weil sie "genmanipuliert" ist. Leute denken nur, dass das etwas super negatives ist, aber das ist es überhaupt nicht! 

Die Evolution verändert auch Gene; Wir machen das quasi nur gerichtet und weitaus schneller.