Also soll die Datei in einem Ordner deine Wahl liegen?

Versuch mal das hier, um den Pfad der Datei zu bekommen.

String applicationDir = "";
		try {
			File file = new File(".");
			applicationDir = file.getCanonicalPath();
		} catch (Exception e) {
			e.printStackTrace();
		}
		String pathToXML = applicationDir + File.separator + "resources" + File.separator + "userConfig.xml";

File file = new File("."); .... Holt sich den aktuellen Pfad, wo die jar liegt, also wo du diese ausgeführt hast, also wo diese liegt :D