Das Dalton-Modell ist unzulänglich in vielerlei Hinsicht (gemessen an dem, was wir heute zu wissen glauben).

• Atome sind keine Kugeln und verhalten sich auch nicht wie solche (siehe Streuexperiment von Rutherford)
• Atome eines Elements sind nicht gleich schwer, da es sowas wie Isotope gibt
• Atome sind nicht die kleinsten Teilchen (Elektronen, Protonen und Neutronen kennt das Modell nicht)
• Atome sind nicht unzerstörbar
• Es kennt keine Ladungen als Qualitäten eines Atoms