Die häufigste Form der Kleinwüchsigkeit ist die Hypochondroplasie. Bei den Betroffenen sind lediglich Arme und Beine verkürzt. Alle anderen Organe sind genau so wie bei jedem anderen Menschen auch. Das betrifft auch die Penisgröße. Die Durchschnittswerte sind da identisch zu denen eines Mannes ohne Hypochondroplasie. Es ist also 50/50, wer von beiden den Größeren hat.

Anders sieht es bei anderen Formen der Kleinwüchsigkeit aus. Eine angeborene Störung der Produktion von Wachstumshormonmenge äußert sich bei Jungen sehr häufig in einem unproportional kleinen Penis. Dieser wird allerdings normal, wenn es rechtzeitig bekannt und behandelt wird.

Es gibt auch Formen von Kleinwüchsigkeit, die immer mit einem Mikropenis einhergehen und die Penisgröße sogar diagnotisch zur Abgrenzung von anderen Kleinwüchsigkeiten relevant ist.