Das gleiche Problem hatte ich auch. "Aktiviere Schutz vor bösartigen Webseiten" ist nicht aktivierbar. Momentan funktioniert es. Ich habe mich zuerst nach einer Anweisung in einem englisch-sprachigen Malwarebytesforum gerichtet .

Man soll neu starten, dann gleich gucken, ob es aktiviert ist und auch "mit Windows starten" aktiviert ist. Wenn ja, gleich nochmal neu starten. Ich habe dabei sofort auf das Icon doppelgeklickt als es sichtbar wurde. Bei mir hat das einmal funktioniert, dann wieder nicht, dann wieder.

Momentan vermute ich, dass es besser funktioniert, wenn ich eine Weile warte, bevor ich mich als Benutzer anmelde (wir sind 2 Benutzer). Ich glaube in dieser Zeit startet Malwarebytes schon vor allen anderen Anwendungen, z.B. Avira, mit dem es sich beissen könnte.

hier ist übrigens der englisch-sprachige Link:

http://forums.malwarebytes.org/index.php?showtopic=117529