Die Frage ist zwar schon einige Jahre alt, aber ich hatte kürzlich das selbe Problem und erst nach längerem Suchen die Lösung gefunden – vielleicht geht es anderen ja genauso. Am Ende wie immer recht einfach:

Man muss unter Systemeinstellungen > iCloud in der Liste bei "iCloud Drive" das blaue Häkchen entfernen, um die Funktion zu deaktivieren.

Es erscheint dann die selbe Meldung wie oben, allerdings mit der Option "Kopie behalten". Wählt man diese, werden alle Dateien, die über iCloud Drive synchronisiert wurden, im eigenen Benutzerordner des Mac als "iCloud Drive (Archiv)" gespeichert. Von dort kann man sie problemlos wieder auf die regulären Ordner verteilen und in der Cloud ohne Gefahr Platz schaffen.

Viele Grüße!