Stell deinen online Status doch einfach auf offline anzeigen oder abwesend sobald du deinen PC herunterfahren willst, müsste dann so bleiben.

Ansonsten bist du vielleicht mit nem anderen Gerät angemeldet und deswegen online?

Wenn dir das zu viel Aufwand ist, versuch einfach mal Skype neu zu installieren!