Ich befürchte, da herrscht ein wenig begriffliche Verwirrung.
Zunächst besagt der Begriff "Sekundärliteratur", dass sich diese Literatur mit der Primärliteratur auseinandersetzt.

In den Geisteswissenschaften versteht man unter der Primärliteratur beispielsweise Goethes "Faust" und unter der Sekundärliteratur die germanistische Fachliteratur über Goethe, den Faust oder seine Epoche.

In den Naturwissenschaften verhält es sich mit der Definition der Primärliteratur etwas anders, aber Google und selbst Wikipedia helfen dir da schnell weiter.

Nun zu deiner eigentlichen Frage. Dass man keine Sekundärliteratur verwenden soll, wäre mir neu. Es widerspräche auch den Grundsätzen wissenschaftlicher Praxis.

Man soll ja gerade beweisen, dass man sich nicht nur mit Primärliteratur, sondern auch mit den Theorien und Thesen anderer Forscher in der Sekundärliteratur auseinandersetzen kann; das Ganze natürlich im richtigen Verhältnis (welches von Dozent zu Dozent variieren mag).

Jedenfalls wird die Quelle nicht durch die Verwendung von Fußnoten unbrauchbar oder schlecht, sondern sie macht gerade den Verlauf der Forschung nachvollziehbar.

Wenn Du allerdings aus der Sekundärliteratur zitierst, solltest Du tatsächlich den jeweiligen Autor zitieren. Benennt der Autor per Fußnote eine andere Quelle, muss diese beschafft werden, um zitiert werden zu können.

Zur Not kannst Du noch mit dem Hinweis "zitiert nach Autorname, S. XY" arbeiten; das sollte aber die Ausnahme sein, nicht die Regel.

Ich hoffe, diese Hinweise helfen weiter. Viel Erfolg bei deiner These!