Die Frage ist vielleicht ein wenig alt aber falls jemand nach mir eine Antwort auf das Problem sucht:
-schaut in das Stammverzeichnis von RocketDock
-Rechtsklick -> Eigenschaften auf Settings.ini
-Sicherheit -> Klickt auf [Bearbeiten] dann auf Benutzer(...euer PC-Name...)
-setzt ein Häkchen auf Vollzugriff und klickt dann auf [Übernehmen]
Nun sollte euer RocketDock wieder Icons speichern.
(das verwendete Betriebssystem ist Windows 7 Ultimate 64-bit)