Ich kenne mich besonders mit deutschen Ressourcen so gut wie gar nicht aus, daher kann ich nur Empfehlungen für englische Mittel geben.
Ein guter Startpunkt hier ist auf alle fälle Tae Kim's Guide to Learning Japanese. Soweit ich weiß komplett kostenlos, und v.a. in Sachen Grammatik mit das beste was kostenlos abrufbar ist.
Eine weitere Website ist memrise.com, bei der Nutzer Kurse für andere Nutzer erstellen. Hier sind viele Kurse auch auf deutsch verfügbar, wobei hier die Qualität vom Wissensstand des Kurserstellers abhängt. Auch hier gibt es Themen wie Grammatik etc. aber auch Vokabeln, welche jedoch selten sinnvoll strukturiert sind, aber trotzdem eine gute Basis darlegen.
Programme an sich gibt es relativ wenige, auch unter den kostenpflichtigen Mitteln die ich benutze (sofern ein Programm als auf dem PC installiert und per .exe o.ä. ausführbar gemeint ist.).