Es gibt jüdische Gesetze, die sich begründen auf : "Weil es in der Thora steht". Die Trennung von Milch und Fleisch (beim Essen und auch bei der Aufbewahrung) begründet sich aus der Thora, dieses Gesetz wird dort dreimal erwähnt.
Nach dem Genuss von Fleisch sollte man 3-6 Stunden warten, bis Milch zu sich genommen werden kann - im Talmud steht, es würde solange dauern, bis das letzte Stück Fleisch aus den Zähnen ist - nach dem Genuss von Milch 1-3 Stunden, bis der Geschmack weg ist.
Hygienische Gründe gibt es zwar auch - aber der einzige Grund für dieses Gebot ist : Weil es in der Thora steht.
Der Grund ist aber naheliegend: Fleisch versinnbildlicht das Tote, Milch das Lebendige. Man soll das Lebendige nicht mit dem Toten vermischen. Also - ein rein religiöser Grund.