Klonierungen werden auch in der Grundlagenforschung routinemäßig eingesetzt, um z.B. ein Protein auf Grundlage des inserierten Gens rekombinant herzustellen. Das Protein kann man dann wieder isolieren und aufreinigen. Dieses Protein kann dann Gegenstand weiterer biochemischer Untersuchungen sein, z.B. der Aufbau, die Kinetik, Interaktion mit anderen Proteinen etc.

Klonierungen werden auch benötigt um Regulationsmechanismen, z.B. Regulation der Transkription von Genen zu untersuchen, Promotorstärken etc.

Klonierungen werden auch zur Sequenzierung von DNA-Abschnitten eingesetzt. AUßerdem zur Bestimmung des Gens bei einer Transposition...