Die Dateien werden eigentlich nicht gelöscht sondern nur versteckt.
Konnte den Virus damals nur manuell entfernen, hab den Prozess über die Konsole gekillt, und danach in den Ordneroptionen wieder "versteckte Dateien anzeigen" aktiviert. Über die Verknüpfung die der Virus angelegt hat, konnte ich ihn dann finden und entfernen.
Ging eigentlich recht schnell, Antivirenprogramme haben bei mir aber nichts gebracht.