ACHTUNG SPOILER!!!!!!

Das wird in einer Zusatzstory namens Kakashi Gaiden (カカシ外伝) aufgelöst. Im Manga sind es die Kapitel 239 bis 244, direkt nach dem Ende des ersten Teils in Band 27. Im Anime entspricht dies den Folgen 339 und 340, also 119 und 120 von Shippuuden.

Kakashi Gaiden zeigt die Geschehnisse um Kakashis Team während des Daisanji Ninkaitaisen (第三次忍界大戦, Dritter Ninjaweltkrieg), der vor 13 Jahren stattfand. Die ganze Geschichte kannst du ja nachschauen, auf jeden Fall kämpfte Kakashis Team (bestehend aus Rin und Uchiha Obito) gegen ein Team aus dreien Iwanin: Mahiru, der vorher von Minato überwältigt wurde, Kakkou, der Kakashi das linke Auge ausstach, und Taiseki. Taiseki lockte die drei in eine Falle, nachdem seine Kollegen von ihnen getötet worden waren. Dabei starb Obito, zumindest schien es so, allerdings bat er vorher Rin, Kakashi sein linkes Auge zu implantieren, da Obito auf der rechten Seite von einem Felsen zerquetscht worden war. Mithilfe des Sharingan kann Kakashi dann Taiseki besiegen.

Später, als Kakashi und Obito (der ja von Madara gerettet wurde) sich wiedertreffen, merkt Kakashi, dass er das gleiche Mangekyou Sharingan wie Obito hat.

...zur Antwort