Die run.sh läuft nur auf Linux-Servern Sonst bräuchtest du den Minecraft-Server für Windows von Minecraft.net Falls es sich um bukkit handelt kannst du einfach eine .sh wie hier (http://wiki.bukkit.org/Setting_up_a_server) beschrieben erstellen. Unter dem Link findest du auch die Beschreibung zum aufsetzen von Win-Bukkit-Servern.

Der leichteste Weg ist einen Server anzumieten bei einem Hoster wie nitrado, g-portal oder anderen.

Falls dir das zu teuer ist kannst du auch über einen virtuellen server mit linux nachdenken, das ist jedoch etwas komplexer, da du dich selber um vieles kümmern musst was sonst automatisiert ist. in diesem falle würdest du es über die steamcmd machen.

Erstell doch einfach mal einen server zum testen ob du das hinkriegst auf deinen pc. alles nötige findest du hier: https://developer.valvesoftware.com/wiki/SteamCMD