Also... Wie es bei FnaF so ist, ist das was ich jetzt antworte lles NUR THEORIE und kann auch alles falsch sein. Aber trotzdem :

Meine Theorie dahinter ist, dass die "Phatoms" ja die Geister der toten Kinder sind. Bonnie daher natürlich auch. Als sie in (höchstwarscheinlich) Fnaf 1 Purple Guy besiegt hatten waren sie frei..... Puppet rief sie zurück um ns in FnaF 3 vor Springtrap zu warnen, da er nun ja wieder frei ist !!! Er schaft es bei einigen. Die dann versuchen dich in ihrer Phantom gestalt so zu erschrecken das du einfach vor ihm fliehst. Also ist er einfach nicht zurück gekommen, da er quasi schon ENTGÜLTIG erlöst ist. Oder er ist halt einfach ein anderes Phantom ( Mangle/Baloon Boy) , da sie nicht zu den Originalen Zählen....

Hoffe ich konnte helfen ! ;-)