Naja Madara hatte ihn ja trainiert und er und madara sind die einzigen die, die gedo statue kontrollieren können das und viel mehr hatte ihn madara beigebracht und natürlich genjutsus wie das Izanagi und außerdem hat ihn der Tod von Rinn in folge 345 zum ausrassten gebracht dadurch ist sein mangekyo erwacht und sein mangekyo beherrscht ja das Kamui das Kamui benutz Obito als Transport und Genjutsu. Es stimmt jedoch das Obito mit dem Rinnegan nur die Gedo Statue kontrolliert aber das ist das was Nagato nicht konnte und in den neueren Folgen wird er ja zum 10 Schwänzigen und dadurch hat er Naruto, Minato und Sasuke ganz schön eingeheizt.

:) Ich hoffe meine Antwort war hilfreich