Schwer zu sagen. Mit unter können dadurch Luftströme gestört werden (hängt davon ab, wie die Lüfter in Deinem Rechner angeordnet und gepolt sind). Die Temperatur kann man aber mitunter auch einsehen, z.B. mit der Software EVEREST von Lavalys.
Wenn die Temperaturen da noch im normalen Bereich sind, sehe ich da kein Problem.. Staub ist eventuell ein Nebeneffekt, welcher eventuell auch der Hardware schaden kann, wenn man den Rechner über Jahre offen lässt und nicht pflegt.
Ich habe z.B. mal n PC in nem Bierkasten gebaut (Oberseite natürlich offen) und da gab's noch nie irgendwelche Probleme.