Die Frage ist zwar schon etwas älter, aber vielleicht hilft es dem einen oder anderen:

Ich hatte heute erstmals ein ähnliches Problem: als ich mit dem Kopf (mit dem Ohr direkt am Kopfkissen) auf meinem Kopfkissen lag, hörte ich sehr schnelle Klopfgeräusche als wenn jemand Morsezeichen geben würde. Die Klopfgeräusche waren nur dann zu hören, wenn man direkt auf dem Kissen lag mit dem Ohr am Kissen.

Somit war klar, das es nur was Mechanisches sein konnte, ausgelöst durch das Gewicht meines Kopfes. Es stellte sich heraus, das der innere Kopfkissenbezug (gegen Hausstaubmilben) dieses Geräusch verursachte: am Anfang vor ein paar Jahren war der Bezug glatt und ist jetzt etwas abgestumpft. Durch das Gewicht des Kopfes rutscht er schnell/ruckartig zur tiefsten Stelle, was sich anhört wie ein sehr schnelles Klopfen.

Möglicherweise ist bei Dir ebenfalls ein glatter Innenbezug oder ein glatter Füllstoff im Kissen der Grund für Dein Klopfgeräusch. Bei mir trat des Geräusch auch nach einem Wechsel der Bettwäsche auf - möglichweise ist der Stoff durch die Wäsche (Waschmittel/Spüler) nicht mehr so glatt.