Die Farbkombinationen sind zufällig gleich, aber haben nichts miteinander zu tun.

Im Deutschen Kaiserreich hat sich das (so zumindest die allgemeine Auffassung) aus dem Schwarz-Weiß von Preußen und dem Rot der Hanse zusammengesetzt.

Zu Ägypten usw.: Rot, Weiß, Schwarz und Grün sind die 4 panarabischen Farben und finden sich teilweise auf Flaggen in Nordafrika und im arabischen Raum in verschiedenen Kombinationen wieder.
Die immer gleiche Grundkombination (rot-weiß-schwarz) bei den Flaggen von Ägypten, Jemen, Syrien und Irak hängt damit zusammen, daß es mal Einheitsbestrebungen zu einer Arabischen Republik gab, was für kurze Zeit zwischen Ägypten und Syrien auch Bestand hatte. Jemen als Teil des neuen Staates war auch angestrebt.
Mit der politischen Ausrichtung hängt diese Kombination auch zusammen, was sich am Beispiel Syrien am besten erklären lässt. Die offizielle syrische Flagge (rot-weiß-schwarz mit zwei grünen Sternen) steht für das säkulare Syrien, das in Tradition des damaligen Projektes steht. Die Flagge mit dem grünen (statt roten) Streifen und 3 roten (statt 2 grünen) Sternen wird von den islamistischen Rebellen und deren Anhängern verwendet.