Es gibt da zwei Möglichkeiten.
Du musst die Transparenz auch abspeichern. Nicht jedes Dateiformat unterstützt Transparenz. GIF und PNG können diese z.B. verarbeiten. du wirst beim Speichern irgendwo einen Haken setzen können, ob du die Transparenz mitspeichern möchtest, oder nicht. Ich gehe aber mal davon aus, dass dies schon standardmäßig so eingestellt ist.
Der Hintergrund IST immernoch transparent. Nur sieht man das in vielen Darstellungsprogrammen nicht, da der Hintergrund weiss ist und man aufgrund der Transparenz eben diesen sieht.