Auch wenn du nach den 2 Jahren wohl keine Probleme mehr bei Mods hast hilft es vielleicht noch anderen.
Ihr müsst auf euren server (von Nitrado) bei der übersicht links ganz nach unten auf Spiel wechseln, dort sucht ihr dann nach "Minecraft Modpacks" installiert das und nun könnt ihr verscheidenste Mods drauf packen. Um Mods nun richtig nutzen zu können muss sich jeder der auf den Server kommt noch den dazugehörigen Mod (am einfachsten ist das per Twitch Mod Launcher) Installieren und schon kann es los gehen.
Falls ihr einfach nur ein paar nützliche Plugins installieren wollt reicht es schon von Vanilla auf bukkit bzw Spigot zu wechseln, dann einfach auf Zusatzpakete gehen und dort die gewünschten Plugins installieren.
Bei beidem (Mod und Plugin) gilt: Server sollte während der installation gestoppt sein und nach dem Start noch einmal neustarten.