jau, du nimmst das ganze vor einer grünen fläche auf .. das video lädst du dann in ein film-bearbeitungsprogramm, und entfernst dort die grüne fläche .. anschließend speicherst du das video mit alphakanal für die transparenz ab. am besten als .mov.
dann erst importierst du es in flash, dort stellst du ein beliebige hintergrund farbe ein und exportierst die swf. beim einbetten in html musst du zusätzlich den parameter befehl: <param name="wmode" value="transparent" /> verwenden.
bearbeitungsprogramme wären zb: adobe after effects, adobe premiere .. adobe photoshop ab cs3 kann das übrigens auch.