AdenosinTriPhosphat wir in den Mitochondrien nur aufbereitet. Durch die Atmungskette wird ein Protonengradient, also ein ungleichgewicht von H+ Ionen zwischen der Mitochondrienmatrix und dem Zwischenraum erzeugt. Die Protonen strömen durch einen Proteinkomplex, die ATP-synthase, zurück in den Matrixraum. Dieser Strom treibt eine art achse an, die eine Konformationsänderung an den untereinheiten bewirkt. Die Untereinheiten werden mit ADP +Pi (also Adenosin Di Phosphat (verbrauchtes ATP) und einem Posphatrest) beladen. Durch die Konformationsänderung wird daraus ein neues ATP-Molekül.