Wie ich es formulieren würde:
It definitely challenges me to understand everything, but I still really love the story!
Das ist aber eher umgangssprachlich, mit "still" als trotzdem.
Wenn du es etwas hochtrabender formulieren möchtest, dann sage doch:
It does pose quite the challenge to me to understand everything, however, I nevertheless enjoyed the story.
Kurzum: "Still" würde ich in Antwort auf einen Kommentar etc. nutzen, "nevertheless" in einer Ausarbeitung. Ich wünsche dir einen schönen Tag!