In Naruto "Classic" ist der Hauptprotagonist Naruto Uzumaki noch jung. Dort lernt man die Charaktere kennen und viel Training steht bevor.

In Naruto Shippuden passiert doch einiges mehr. Hierbei Ist Naruto älter, kämpft richtig gegen Akatsuki, der 4. Ninjaweltkrieg findet statt usw.

Die bessere Wahl ist eindeutig Naruto Shippuden.