Ich denke schon das es trotz des entlassenen Entwicklerteams einen 3. Teil geben wird. Denn wie viele schreiben, soll Mercer (angeblich) eine Art Klon von sich erschaffen haben und außerhalb von NYZ versteckt haben. Er wusste anscheinend das er verliert bzw. verlieren könnte(gewollt?). Laut einigen Leuten könnte es sich im 3. Teil um Pariah (http://prototype.wikia.com/wiki/Pariah) oder Heller (der entweder Pariah oder den 2. Mercer bekämpft, oder ein ganz neuer Feind erscheint.). Also der Alex-Mercer "Klon" ist angeblich dem normalen Mercer ziemlich ähnlich. Er soll angeblich genau gleich aussehen, bis auf das er rote Augen und einen schwarzen Mantel haben soll. Es könnte aber auch sein das der "Klon" der wahre Mercer ist und der Alex den man am Ende vom 2. Teil tötet ist vielleicht der Klon. Jedenfall Theorie über Theorie. Man darf nicht vergessen das der 1. Teil 2009 und der 2. Teil 2012 raus kam (sprich 3 Jahre). Das könnte auch nochmal so lange dauern...
Am wahrscheinlichsten ist aber glaub ich das meinen Heller oder einen neuen Helden spielt und Pariah endlich töten muss/wird und damit wird das [PROTOTYPE]-Universum dann auch enden.