Im Unterschied zu Windows NT ist Windows CE in Hinblick auf Echtzeitfähigkeit entwickelt worden. Die Echtzeiteigenschaften hängen jedoch von einer Vielzahl von Faktoren ab, die dazu führen, dass die Echtzeitfähigkeit in der Praxis nicht zweifelsfrei vorhanden ist. Zu diesen Faktoren gehören die Eigenschaften der Zielarchitektur, Unterstützung durch Hardware und Treiber und vor allem die Schwierigkeit der Verifizierbarkeit von Echtzeitfähigkeit. Echtzeitfähigkeit ist nur für eine sehr stark begrenze Zahl von Plattformen unter bestimmten Voraussetzungen teilweise anhand heuristischer Methoden überprüft worden, so dass es nicht möglich ist, von allgemeiner Echtzeitfähigkeit im Zusammenhang mit Windows CE zu sprechen.
Die Buchstaben „CE“ sind keine Abkürzung, sondern Andeutung einer Vielzahl von Konstruktionsgrundsätzen wie Kompaktheit, Kompatibilität und Effizienz.[3] Mit Version 6.0 erweiterte Microsoft den Namen zu Windows Embedded CE und mit der Version 7 wurde das System zu Windows Embedded Compact umbenannt, damit es sich einheitlich in die Produktlinie Windows Embedded der Betriebssysteme von Microsoft für eingebettete Systeme einfügt