ich würde es in diesem Fall persönlicher halten und dort anrufen und mit der Person sprechen, die Dich darauf aufmerksam gemacht hat, bedanke Dich für Ihr Schreiben, entschuldige Dich kurz für die dadurch verursachte Mehrarbeit, kündige die e-mail an, mit der Du die Zeugnisse nachreichst.

"... wie mit Ihnen besprochen, erhalten Sie nun anbei meine Zeugnisse ..."