Bei Refined Storage sollte man sowieso Vorsicht walten lassen, da können sie Chunks ganz schnell korrumpieren.

Immer wenn man den server startet crasht er kurz

Die Frage ist was die Fehlermeldung ist? Wenn es wirklich das Item aus RF betrifft, kann man den betreffenden Chunk löschen bzw. von Blöcken bereinigen.

Ich empfehle Applied Energistics 2 für Storage, zwar relativ kompliziert aber sehr gut und auch effizient. Als Einsteiger wäre Simple Storage Network/Storage Drawers zu empfehlen.

PS: Hast du ein Backup von deinem Server? Soetwas wäre wichtig und könnte hier helfen. Besser ein Backup welches 1 Tag alt ist als eine neue Welt.