Da sie Krankheitsüberträger sind.
Sie fliegt noch am ehesten von alleine wieder raus, wenn das Fenster geöffnet ist, da sie sich eher für Kot und Aas interessiert:
https://de.wikipedia.org/wiki/Kleine_Stubenfliege#Verhalten
Sie ist also weniger lästig und tatsächlich klappt es fast immer, wenn man ihr den Weg nach draußen öffnet.
Sie aber fliegt eher nicht durchs offene Fenster wieder raus, da sie u.a. auch von Schweiß angezogen wird. So eine kann bei heißem Wetter die ganze Nacht nerven, indem sie immer wieder das Gesicht anfliegt:
https://de.wikipedia.org/wiki/Stubenfliege#Die_Stubenfliege_als_Krankheits%C3%BCbertr%C3%A4ger
Neben Aas und Kot fliegt sie auch eiternde Wunden an.
Der Stubenfliege zum Verwechseln ähnlich:
https://de.wikipedia.org/wiki/Wadenstecher#Gemeine_Stechfliege_als_Krankheits%C3%BCbertr%C3%A4ger