Damit beginnst Du offensichtlich mit 4, da a mit 2 initialisiert ist (a+1) dann 3 ist und i+ nochmal vor dem ersten Durchlauf hochgezählt wird:

     for i in range (a+1):
       i+=1

Schreibe ich hier:

     for i in range (a):
       i+=1

Dann bekomme ich:

user@system:~> python Primenumbers.py  
Limit z = 100
[2, 3, 5, 7, 11, 13, 17, 19, 23, 29, 31, 37, 41, 43, 47, 53, 59, 61, 67, 71, 73, 79, 83, 89, 97