In Bus, Straßenbahn, U-Bahn und Zug hatte ich bisher nie Probleme barfuß.

Sollte ein Fahrer das nicht wollen, übt er quasi das Hausrecht aus. Wenn man Minimalsandalen o.ä. dabei hat (wiegen kaum etwas), käme man trotzdem mit.
Auf diversen Websites (z.B. barfussblog) kann man sich danach Rat holen, wie man dann ggf. eine freundliche Beschwerde an z.B. die Stadtwerke formuliert.
In der Regel wird wird man in der Antwort darauf als Barfußlaufender freundlich und positiv beurteilt sowie in den Bussen etc. des Verkehrsunternehmens so willkommen geheißen. Der Busfahrer oder die Security wird seitens des Verkehrsunternehmens darüber informiert.